Druga generacja samochodów Yaris debiutowała podczas Salonu Samochodowego we Frankfurcie n/Menem w 2005 roku. Nowe dwubryłowe nadwozie otrzymało większe wymiary. Rozstaw osi oraz długość całkowita zostały zwiększone aż o 9 cm, w stosunku do poprzednika.
Początkowo oferowano trzy wersje silnikowe. Silniki benzynowe miały pojemność skokową 1,0 lub 1,3 dm3, a turbodoładowany silnik Diesla – 1,4 dm3. Silnik o pojemności 1,0 dm3 był nową konstrukcją i miał tylko trzy cylindry. Oprócz tradycyjnych mechanicznych skrzyń biegów oferowano skrzynie zrobotyzowane (MM).
Na inne rynki (w tym północno-amerykański) produkowano także nadwozia trzybryłowe (notch-back). Ich projekt powstał w Japonii i różnił się wyglądem od wersji hatch-back opracowanej w Europie. Samochody z nadwoziami trzybryłowymi miały większy rozstaw osi i napędzane były silnikami o pojemności 1,5 dm3.
W 2007 roku gama modeli została powiększona o usportowioną wersję TS, napędzaną silnikiem benzynowym o pojemności 1,8 dm3.
Wiosną 2009 roku wszystkie samochody tej rodziny poddano modernizacji typu face-lifting. Zmiany były stosunkowo niewielkie i objęły głównie przednią część nadwozia. Wprowadzono również nowy silnik benzynowy o pojemności 1,33 dm3, opracowany od podstaw do kątem ekologicznym. Silnik ten przystosowano do współpracy z systemem Stop-Start.
Wszelkie prawa zastrzeżone - AUTO-ERA - 2002-2023 ; Korzystanie z portalu oznacza akceptację Regulaminu