Prezentacja modelu Fabia odbyła się 1 września 1999 roku. Nowa płyta podłogowa, która została wykorzystana w Fabii, została później zastosowana w innych modelach koncernu o podobnej wielkości czyli VW Polo oraz Seat Ibiza. Nowa Skoda początkowo oferowana była z dwubryłowym nadwoziem typu hatch-back w układzie pięciodrzwiowym. W jego przedniej części dominowała prostokątna krata wlotu powietrza, znana już z innych modeli Skody. Zderzaki przedni i tylny były w pełni zintegrowane z sąsiednimi elementami nadwozia. Zastosowanie blach cynkowanych na elementy nadwozia pozwoliło na wydłużenie gwarancji antykorozyjnej.

Komora silnika przystosowana została do zabudowy poprzecznej różnych zespołów napędowych. Stosowane były zarówno silniki benzynowe, jak i wysokoprężne. W pierwszym okresie stosowano silniki benzynowe o pojemności skokowej 1,4 dm3 w trzech wariantach oraz wolnossący silnik Diesla o pojemności 1,9 dm3. W roku 2000 wprowadzono do gamy Fabii nowe silniki. Były wśród nich benzynowe o pojemności 1,0 dm3 i największy o pojemności 2,0 dm3 oraz nowoczesny turbodoładowany silnik Diesla.

Podczas Salonu Samochodowego w Paryżu debiutowała Fabia z nadwoziem typu kombi. Zgodnie z panującymi tendencjami tylna część nadwozia otrzymała obłe kształty. Z gamy silników dla tej wersji wykluczono silnik o pojemności 1,0 dm3.

Trzecią odmianę nadwoziową w postaci czterodrzwiowego notch-backa zaprezentowano na Salonie Samochodowym w Genewie w 2001 roku. Konstrukcję wersji Sedan została oparto na płycie podłogowej kombi. Nadwozie w przedniej części jest identyczne z pozostałymi wersjami tego pojazdu. Różnice zaczynały pojawiać się na wysokości słupka środkowego. Na nowo opracowano tylną część nadwozia, z zachowaniem charakterystycznego, dla "członków tej rodziny", wyglądu tylnych świateł i przestrzeni między nimi. Do napędu samochodów w wersji Sedan wykorzystano identyczne jak w kombi jednostki napędowe.

W 2000 roku wprowadzono nowe trzycylindrowe silniki benzynowe o pojemności 1,2 dm3, a w roku 2003 - trzycylindrowy silnik Diesla o pojemności 1,4 dm3. W tym samym roku do gamy Fabii dołączył usportowiony model RS, wyposażony w turbodoładowany silnik Diesla o pojemności 1,9 dm3.

Latem 2004 roku rodzina tych pojazdów została nieznacznie zmodernizowana. Zmieniono przedni zderzak oraz klosze tylnych lamp, a we wnętrzu dodano trzeci tylny zagłówek i trzypunktowy pas bezpieczeństwa. Wprowadzono także inny silnik benzynowy 1,4 dm3.

Zakończenie produkcji samochodów tej generacji nastąpiło początkiem 2007 roku.