Druga generacja Agili debiutowała publicznie jesienią 2007 roku, podczas Salonu Samochodowego we Frankfurcie n/Menem, ale sprzedaż tych pojazdów rozpoczęto dopiero wiosną następnego roku. Produkcja została uruchomiona w węgierskiej fabryce Suzuki w mieście Esztergom wraz z bliźniaczym modelem Suzuki Splash.

Ogólna koncepcja konstrukcyjna została zachowana, ale zdecydowano się na znacznie większe nadwozie o oryginalnej stylistyce. Rozstaw osi pozostał bez zmian, natomiast długość całkowita została powiększona aż o 205 mm. Szerokość pojazdu wzrosła o 60 mm, ale jednocześnie wysokość została zmniejszona o 70 mm. Zmiany te w oczywisty sposób zmieniły proporcje bryły nadwozia i przyczyniły się do powiększenia przestrzeni pasażerskiej. Nieznacznie zmniejszyła się jednak przestrzeń bagażowa.

Do napędu tych pojazdów wykorzystano dotychczasowe jednostki napędowe (dwie benzynowe i turbodiesel), ale niezbędna była ich modernizacja pod kątem zaostrzonych wymogów ekologicznych. Nowością w tej rodzinie była automatyczna hydromechaniczna skrzynia przekładniowa oferowana opcjonalnie z benzynowym silnikiem 1,2 dm3.

Początkiem 2010 roku przeprowadzono niewielką modernizację tych samochodów. Silniki benzynowe dostosowano do wymagań normy Euro5, natomiast z oferty wycofano silnik Diesla.

Zakończenie produkcji samochodów Agila drugiej generacji nastąpiło w listopadzie 2014 roku. Następcą był samochód o nazwie Karl debiutujący w następnym roku.