Druga generacja samochodów Leon trafiła na rynek jesienią 2005 roku. Utrzymano dotychczasową koncepcję pojazdu, a całkowicie nowe dwubryłowe nadwozie bazowało na platformie VW Golfa piątej generacji. Zewnętrzna forma nadwozia, a zwłaszcza jego przednia część przypominała ostatnią generację modelu Toledo wprowadzonego do produkcji w 2004 roku.

Podstawowy silnik benzynowy miał pojemność skokową 1,6 dm3, a oprócz niego stosowano silniki o pojemności 2,0 dm3. Wśród silników wysokoprężnych były doładowane jednostki o pojemności 1,9 i 2,0 dm3. Wszystkie modele otrzymały napęd na koła przednie. Model 2,0 TDI oferowany był także z nowoczesną dwusprzęgłową skrzynią przekładniową.

Już w następnym roku gama modeli została znacznie powiększona. Wprowadzono wersję bazową z silnikiem o pojemności 1,4 dm3 oraz bardziej dynamiczne pojazdy o nazwach FR (Formula Racing) i Cupra.

W następnym roku debiutowały w tej rodzinie nowe silniki typu TSI o pojemności skokowej 1,4 oraz 1,8 dm3.

W połowie 2009 roku rodzina samochodów Leon została poddana modernizacji typu face-lifting. Poza niewielkimi zmianami w przedniej części wprowadzono nowe drzwi tylne z szerszą szybą oraz poprawiono materiały stosowane we wnętrzu.

Zakończenie produkcji samochodów drugiej generacji nastąpiło w II połowie 2012 roku.