Trzecia generacja modelu Pajero pojawiła się w Japonii jesienią 1999 roku, ale wersje eksportowe produkowano od 2000 roku. Była to przełomowa konstrukcja gdyż zrezygnowano wówczas z tradycyjnej ramy i model ten otrzymał całkowicie nowe nadwozia o konstrukcji samonośnej. Ponownie zwiększono rozstaw osi oraz gabaryty tych pojazdów. Wyposażenie stało się jeszcze bardziej luksusowe. W ofercie znajdowały się tylko wersje z nadwoziem kombi w układzie trzy- i pięciodrzwiowym, gdyż zrezygnowano z kabrioletu. W samochodach tej generacji stosowano dwa różne systemy napędu. System Easy Select, przenosił siłę napędową na oś tylną i umożliwiał dołączanie napędu osi przedniej. Pojazd z tym systemem był wyposażony w turbodoładowany silnik Diesla o pojemności skokowej 2,5 dm3. Alternatywnym systemem napędowym jest system Super Select SS4-II, przenoszący napęd stale na wszystkie koła. Z tym systemem współpracuje wysokoprężny silnik o pojemności 3,2 dm3 lub benzynowa jednostka napędowa 3,5 GDI, z bezpośrednim wtryskiem paliwa. Nowością było również wprowadzenie niezależnego zawieszenia tylnych kół.

W 2003 roku przeprowadzono modernizację rodziny Pajero. Zmiany zewnętrzne były stosunkowo niewielkie, gdyż najbardziej widoczny był inny zderzak przedni z okrągłymi lampami przeciwmgielnymi. Na rynek amerykański wprowadzona została nowa wersja silnikowa. Źródłem napędu był benzynowy silnik w układzie V6 o pojemności 3,8 dm3.

Zakończenie produkcji samochodów Pajero trzeciej generacji nastąpiło w 2006 roku.