Druga generacja Ibizy zaprezentowana była w maju 1993 roku na Salonie Samochodowym w Barcelonie. Jej konstrukcja powstała już pod nadzorem Volkswagena i była zunifikowana z modelem Polo. Całkowicie nowe nadwozie zaprojektowane w Ital Design było nieco większe od poprzednika i miało bardziej obłe kształty. Do napędu wykorzystano kilka silników pochodzących z gamy Volkswagena. Były to czterocylindrowe silniki benzynowe o pojemności skokowej 1,05, 1,3, 1,6, 1,8 i 2,0 dm3 oraz silnik Diesla o pojemności 1,9 dm3 w wersjach wolnossącej i turbodoładowanej. W 1994 roku gama silników powiększyła się o 16-zaworowy silnik 1,8 dm3 dla usportowionej wersji GT. Ibiza tej generacji byłą bazą dla konstrukcji samochodu osobowego Cordoba oraz dostawczego o nazwie Inca.

Pierwszy face-lifting całej rodziny miał miejsce w 1996 roku. Wzmocniono strukturę nadwozia, wprowadzono większe zderzaki o obłych kształtach oraz zmodernizowano zarówno silniki benzynowe jak i silniki Diesla. W 1997 roku wprowadzono usportowiony model Cupra z wzmocnionym silnikiem o pojemności 2,0 dm3.

Ostatnia modyfikacja (face-lifting) przeprowadzona w 1999 roku, w znacznym stopniu zmieniła wygląd pojazdu. Przednia ściana upodobniła się do modelu Toledo, przyjętego za wzór dla odnowionej gamy pojazdów Seata. Zmodernizowano także wnętrze Ibizy. W atrakcyjnej ofercie znalazło się pięć silników benzynowych i trzy silniki Diesla. Zrezygnowano z benzynowych silników o pojemności 2,0 dm3.

Zakończenie produkcji samochodów drugiej generacji nastąpiło w grudniu 2001 roku, a ogółem wyprodukowano niemal 1,516 mln sztuk tych pojazdów.