Sprzedaż modeli Yaris ruszyła początkiem 1999 roku. Zwarte dwubryłowe nadwozie typu hatch-back oferowano w układzie trzy- i pięciodrzwiowym. Dla tego modelu opracowano od podstaw nowy silnik o pojemności skokowej 1,0 dm3, który wyposażono w układ zmiany faz rozrządu przez co zwiększono osiągi a jednocześnie zmniejszono zużycie paliwa. Było to rozwiązanie dotychczas niespotykane w tak małych silnikach. Zespół napędowy zabudowano poprzecznie z przodu pojazdu. Napęd przenoszony był na koła przednie poprzez mechaniczną pięciobiegową skrzynię przekładniową lub alternatywnie przez przekładnię automatyczną o czterech biegach.

Pod koniec 1999 roku pojawiła się wersja z silnikiem o pojemności 1,3 dm3 oraz mały samochód wielofunkcyjny (MPV) o nazwie Yaris Verso. Samochody typu Verso otrzymały dłuższe i wysokie nadwozie pięciodrzwiowe, a początkowo montowano w nich tylko w silniki o pojemności 1,3 dm3. Do produkcji wdrożono również wersje z nadwoziami trzybryłowymi, ale nie były one oferowane w Europie.

Samochód Toyota Yaris został wybrany europejskim plebiscycie Samochodem Roku 2000 (Car of the Year). Na paryskim Salonie Samochodowym w 2000 roku debiutowała usportowiona wersja tego pojazdu, oznaczona dodatkowym symbolem TS. Wyposażono ją w silnik o pojemności 1,5 dm3. Początkowo wszystkie pojazdy tworzące rodzinę Yaris produkowano w Japonii, lecz w 2001 roku ruszyła ich produkcja w nowej fabryce Toyoty w miejscowości Valenciennes we Francji. Produkowano tu tylko samochody z nadwoziami typu hatch-back przeznaczone na rynek europejski.

W jesienią 2001 roku do oferty tej rodziny dołączył model napędzany nowoczesnym turbodoładowanym silnikiem Diesla z rodziny D-4D o pojemności skokowej 1,4 dm3. Silnik D-4D montowany był zarówno w pojazdach z nadwoziami typu hatch-back jak i w wielofunkcyjnym modelu Verso.

W 2003 roku przeprowadzono modernizację całej rodziny samochodów Yaris. Zmienione zostały lampy przednie i tylne, zderzaki, a we wnętrzu pojawiła się nowa kierownica. Zmodernizowano także silniki benzynowe i wprowadzono usportowiony model napędzany turbodoładowanym silnikiem o pojemności 1,5 dm3.

Produkcję modeli Yaris i Yaris Verso tej generacji zakończono w 2005 roku.