Druga generacja samochodów Yaris debiutowała podczas Salonu Samochodowego we Frankfurcie n/Menem w 2005 roku. Nowe dwubryłowe nadwozie otrzymało większe wymiary. Rozstaw osi oraz długość całkowita zostały zwiększone aż o 9 cm, w stosunku do poprzednika.

Początkowo oferowano trzy wersje silnikowe. Silniki benzynowe miały pojemność skokową 1,0 lub 1,3 dm3, a turbodoładowany silnik Diesla - 1,4 dm3. Silnik o pojemności 1,0 dm3 był nową konstrukcją i miał tylko trzy cylindry. Oprócz tradycyjnych mechanicznych skrzyń biegów oferowano skrzynie zrobotyzowane (MM).

Na inne rynki (w tym północno-amerykański) produkowano także nadwozia trzybryłowe (notch-back). Ich projekt powstał w Japonii i różnił się wyglądem od wersji hatch-back opracowanej w Europie. Samochody z nadwoziami trzybryłowymi miały większy rozstaw osi i napędzane były silnikami o pojemności 1,5 dm3.

W 2007 roku gama modeli została powiększona o usportowioną wersję TS, napędzaną silnikiem benzynowym o pojemności 1,8 dm3.

Wiosną 2009 roku wszystkie samochody tej rodziny poddano modernizacji typu face-lifting. Zmiany były stosunkowo niewielkie i objęły głównie przednią część nadwozia. Wprowadzono również nowy silnik benzynowy o pojemności 1,33 dm3, opracowany od podstaw do kątem ekologicznym. Silnik ten przystosowano do współpracy z systemem Stop-Start.