Jesienią 1994 roku trafiła na rynek trzecia generacja samochodów Polo. Pojazdy otrzymały całkowicie nowe nadwozia o stosunkowo obłych kształtach. Rozstaw osi oraz długość całkowita zostały zwiększone i niemal dokładnie odpowiadały wymiarom Golfa pierwszej generacji. Pod względem konstrukcyjnym Polo było "spokrewnione" z Seatem Ibizą (II generacji). Nowością w rodzinie Polo było wprowadzenie pięciodrzwiowej wersji nadwozia typu hatch-back. Wprowadzono także nową gamę silników benzynowych o pojemności skokowej 1,1 , 1,4 i 1,6 dm3 oraz wolnossący silnik Diesla o pojemności 1,9 dm3.

W 1996 roku wprowadzono na rynek model Polo Classic z nadwoziem trzybryłowym. Pojazd ten miał większy o 40 mm rozstaw osi i był modelem pochodnym od Seata Cordoby, w którym zmieniono nieco kształty przedniej i tylnej części nadwozia.

Stopniowo wprowadzano nowsze silniki, w tym także oszczędne silniki Diesla z bezpośrednim wtryskiem paliwa.

W lipcu 1997 roku pojawiła się na rynku kolejna wersja nadwoziowa samochodu Polo, a mianowicie pięciodrzwiowe nadwozie typu kombi (o nazwie Variant), która także była spokrewniona z samochodem Seat Cordoba Vario.

Usportowiona wersja oznaczona symbolem GTI wyposażona w silnik o pojemności 1,6 dm3 była dostępna od 1998 roku.

Podczas Salonu Samochodowego we Frankfurcie n/Menem w 2001 roku zaprezentowano zmodernizowane modele rodziny Polo. Po operacji face-lifting nadwozie typu hatch-back zostało upodobnione do nowego Golfa. Do jego produkcji stosowano już tylko blachy cynkowane, co pozwoliło na wydłużenie gwarancji antykorozyjnej do 12 lat. W odmłodzonej gamie silników znalazł się nowy trzycylindrowy turbodiesel z pompowtryskiwaczami. W wersji GTI nieznacznie podwyższono moc silnika.

Zakończenie produkcji samochodów trzeciej generacji nastąpiło w połowie 2001 roku.